Вариант 1: Если мы видим внутри архива папку, название которой оканчивается на “.app”, то действуем по следующей схеме:
1.) Закидываем папку на телефон с помощью iPhone Manager или iPhone Browser или другого браузера в private/var/stash/Applications.(далее у всех по-разному. Applications.82X3Wf, запомните название этой папки, дальше пригодится ) и создаем папку под названием ”Documents” (если не создана) в /var/mobile/
* тут есть интересный момент - на одном из iPhone директория private/var/stash отсутствовала. По-этому просто закачать папку с приложением в /Applications/ ! Но на системном разделе мало места, по-этому обязательно нужно воспользоваться утилитой BossTool 2.0 из Cydia, которая перенесет все содержимое папки /Applications/ в пользовательский раздел!*
2.) Перезагружаем телефон или Respring
3.) Заходим в MobileTerminal и пишем su root - жмем ввод
4.) Вводим пароль alpine (ничего не появится, так и надо) - жмём ввод
5.) Далее пишем cd /var/stash/Applications. Эта строчка будет выглядить вот так: cd /var/stash/Applications.82X3Wf - жмём ввод
6.) Таким образом мы добрались до папки Applications.82X3Wf, в ней находятся системные программы и приложения установленные вами не из AppStore. Теперь мы будем устанавливать права для папки ***.app
7.) Пишим такую строчку chmod -R 775 ***.app - жмём ввод. Готово.
* В этом случае, когда положите папку с приложение в /Applications/, в терминале прописывал строчки:
cd /Applications/tetristouch.app
chmod +x tetristouch
Как Вы уже поняли, это тетрис. Так тоже работает.*

Добавлено (12.08.2010, 19:43)
---------------------------------------------
Вариант 2: В архиве лежит файл формата .ipa, тогда делаем следующее:
1.) Через iPhone Manager или iPhone Browser или SSH или PC Suite открываем папку /System/Library/PrivateFrameworks/MobileInstallation.framework.

2.) Находим в ней файл MobileInstallation и переименовать его в MobileInstallation.bak (ОБЯЗАТЕЛЬНО!)
3.) Затем в эту же папку перенести файл MobileInstallation из скачанного архива и выставить на него 755 права, для этого открываем терминал и вводим команды:
su root
alpine
cd /System/Library/PrivateFrameworks/MobileInstallation.framework/
chmod +x MobileInstallation
4.) Перезагрузите iPhone
5.) Теперь запускаем iTunes на компьютере, открываем (2 клика) на файл .ipa из архива, он откроется в iTunes. Теперь выполните синхронизацию и приложение будет загружено на iPhone! Плюсы этого метода: не надо переносить папки туда-сюда, удобная установка через iTunes по проводу, возможность самому удалить приложение прямо со спрингборда.

Вот и все!